La contaminación de las aguas superficiales y subterráneas por nitratos, procedentes de fuentes de origen agrario, es uno de los principales problemas sanitarios y ambientales a los que se enfrenta el sector agrario en la actualidad.
 
El reto que supone la protección de la calidad de las masas de agua frente al incremento de la presencia de nitratos y la eutrofización se materializó en la adopción, por las instituciones europeas, de la Directiva 91/676/CEE, de 12 de diciembre de 1991, relativa a la protección de las aguas contra la contaminación producida por nitratos de origen agrícola. Esta norma tiene como fin proteger la salud humana y los ecosistemas acuáticos de los efectos negativos de la presencia de nitratos, así como la protección de los usos legítimos de las aguas.
La transposición al ordenamiento español se produjo, en primera instancia, con el Real Decreto 261/1996, de 16 de febrero con el objetivo de prevenir y corregir la contaminación de aguas por nitratos de origen agrario.
 
Posteriormente, este Real Decreto fue derogado por el Real Decreto 47/2022, de 18 de enero, que plantea la mejora de la calidad de las aguas a través de la adopción de medidas que reduzcan los aportes de nitrógeno. Ambas normas instan a las Comunidades Autónomas a designar como zonas vulnerables aquellas partes de sus territorios cuyas pérdidas de nitrógeno por lixiviación o escorrentía puedan contribuir a la contaminación de las aguas superficiales y subterráneas.
 
En el marco territorial de la Comunidad Autónoma de Castilla-La Mancha, desde 1998 se ha designado y modificado la zonificación de las mismas, contando actualmente con 9 zonas vulnerables designadas.
 
Visor de zonas designadas como vulnerables a la contaminación por nitratos de origen agrario en el Portal de Mapas de Castilla-La Mancha.
 
Una vez determinadas las zonas vulnerables, las Comunidades Autónomas deben elaborar y aplicar programas de actuación en dichas zonas que, recojan las medidas necesarias para la prevención y reducción de la contaminación.
En su cumplimiento, la Junta de Comunidades de Castilla-La Mancha ha adoptado sucesivos programas de actuación, desde la primera declaración de zonas vulnerables realizada en 1998. 
Actualmente el programa de actuación vigente es el aprobado mediante Decreto 80/2025, de 14 de octubre, que da cumplimiento a las obligaciones impuestas por la normativa comunitaria y nacional en materia nitratos, consistentes en la aprobación del nuevo programa de actuación y el establecimiento de medidas adicionales y reforzadas.
 
Aunque este Decreto deroga la Orden de 4 de febrero de 2010, que aprobó el programa de actuación aplicable  a las zonas vulnerables en Castilla-La Mancha, mantiene en vigor las zonas declaradas como vulnerables en esta orden o en sus modificaciones.
 
Por otro lado, al objeto de mejorar el conocimiento sobre esta problemática en la Región, la Consejería de Desarrollo Sostenible ha realizado estudios de "Caracterización de las fuentes de contaminación de aguas subterráneas y superficiales mediante técnicas multi-isotópicas en Castilla-La Mancha".
 
La determinación del origen del nitrato en las diferentes zonas vulnerables declaradas en la actualidad permitirá actuar preventivamente contra nuevas contaminaciones, así como establecer las medidas adicionales necesarias de manera más precisa hacia la fuente que la origina, logrando reducir los niveles de contaminación por nitratos en los que se encuentra actualmente esta comunidad, para cumplir con los objetivos establecidos en el Real Decreto 47/2022, de 18 de enero, sobre protección de las aguas contra la contaminación difusa producida por los nitratos procedentes de fuentes agrarias.