Las Navas de Malagón es un complejo lagunar formado por tres cubetas lagunares, encharcadas de manera estacional, y donde la mayor de ellas, conocida como ‘Nava Grande’, presenta un anillo de tobas volcánicas a su alrededor.
Las aguas que se remansan en las depresiones vinculadas a fracturas de la Sierra de Malagón, dan origen a lagunas intermitentes de salinidad muy variable, motivo de su alta diversidad biológica y, razón, también, de su rareza y vulnerabilidad.

Su principal interés reside en las poblaciones de aves acuáticas, destacando la malvasía cabeciblanca, catalogada en peligro de extinción, así como el zampullín cuellinegro, zampullín chico, pato cuchara, pato colorado, ánade friso, fumarel cariblanco, somormujo lavanco y porrón común.
Asimismo, la zona de cultivos adyacente a las Navas mantiene importantes poblaciones de aves esteparias, que encuentran en esta mosaico de cultivo un lugar idóneo para su desarrollo. Sobresale la presencia durante todo el año de sisón, alcaraván, ortega y aguilucho cenizo.

Otro grupo faunístico importante es el de los anfibios, en el que destaca la ranita de San Antonio y el tritón pigmeo, catalogadas de interés especial.

Dentro de los mamíferos, y debido a su importancia cinegética, resaltar las poblaciones de conejo ( Oryctolagus cuniculus) y liebre (Lepus granatensis).

Resaltar que las Navas de Malagón se encuentran en la zona potencial de distribución del lince (Lynx pardina) denominada Montes de Toledo Orientales (A).

Por su carácter estacional, las Navas de Malagón no albergan ni ictiofauna ni cangrejo de río.

En el ecosistema del lago pueden encontrarse comunidades subacúaticas de suelo salino y diferentes especies vegetales catalogadas como de ‘interés especial’ por el Catálogo Regional de Especies Amenazadas de Castilla-La Mancha, como la Riella helicophylla y Nitella hyalina.

Clima mediterráneo continental seco con indicios de aridez. Según la clasificación bioclimática de Rivas-Martínez (1987), las Navas de Malagón se encuentran en el piso mesomediterráneo superior seco de inviernos templados.

Una de las características del clima de la zona es la irregularidad pluviométrica, con sequías prolongadas así como contrastes térmicos amplio, donde las elevadas temperaturas de la época estival favorecen una mayor evaporación, y las bajas de invierno, acompañadas de periodos de heladas, reducen el periodo vegetativo, situándose la amplitud media anual en torno a los 20 ºC.