El interés faunístico de la zona se basa fundamentalmente en las poblaciones de aves acuáticas asociadas a la Laguna del Prado.
Tiene importancia internacional, al superar los criterios establecidos para Cigüeñuela nidificate y en paso. En época de cría, interesantes la reproducción del pato cuchara, pato colorado, porrón común, aboceta, chorlitejo chico, chorlitejo patinegro, avefría, gaviota reidora y charrancito.
En invierno la zona ha superado ocasionalmente los criterios de importancia nacional establecidos para tarro blanco, cerceta común, pato cuchara y número total de anátidas y fochas. También importante la invernada de cigüeñuela, aboceta, chorlitejo patinegro, correlimos menudo, combatiente, agachadiza común, aguja colinegra, zarapito real y archibebe claro.
Con menos frecuencia se detectan: zampullín cuellinegro, martinete, garza imperia, cigüeña blanca, flamenco, cerceta pardilla , entre otras.
Entre las aves no acuáticas que habitan en la zona, destaca el sisón, avutarda, alcaraván, ortega y ganga común. Otra especies nidificantes de interés son cernícalo primilla, tórtola común y críalo. Varias especies de rapaces amenazadas aparecen fuera del período reproductor: milano real, aguilucho lagunera, gavilán, esmerejón y halcón peregrino.
Dentro de los mamíferos citar el topo ibérico.
De anfibios y reptiles destaca el gallipato, tritón jaspeado, ranita de San Antonio y culebra de herradura.
Algunos invertebrados terrestres como Phrydiuchus quijote, especie endémica de Castilla-La Mancha que sólo se conocen, hasta el momento, tres ejemplares. También Apteromantis aptera.
