Complejo lagunar integrado por la Laguna Grande, la Laguna Chica y pequeñas charcas. Se trata de lagunas estacionales, endorreicas, muy someras (80 cm. De profundidad máxima), de aguas dulces con escasos nutrientes.

Las Lagunas Puebla de Beleña tienen importancia, a nivel nacional, como zona de paso primaveral y concentración migratoria de grullas y aves acuáticas, así como para otros grupos faunísticos.

Su carácter estacional condiciona la existencia de una flora singular y comunidades vegetales de gran valor.

Este complejo lagunar constituye una zona de parada anual tradicional para cientos de grullas que, desde mediados de febrero hasta mediado de marzo, encuentra refugio y alimentación en él. Otras especies que recalan en estas lagunas durante los pasos migratorios son la garza imperial, cigüeña blanca, cigüeña negra, espátula, cerceta carretona, pato colorado, chorlitejo chico, zarapito trinador, zarapito real y otras especies de anátidas, además de las ya citadas. También puede registrarse la presencia esporádica en las lagunas de grupo grandes de gansos en migración, generalmente en períodos muy cortos de tiempo.
Cuando los niveles hídricos lo permiten, las lagunas también son importantes como lugar de cría e invernada de diversas especies de aves acuáticas, como ánade real, focha común, zampullín cuellinegro, agazadicha común y zarapito real.
Dentro del grupo de las rapaces, destaca la nidificación de aguilucho lagunero y aguilucho cenizo. Por otro lado, los vallicares del entorno lagunar constituyen el hábitat idóneo para especies de aves esteparias como el alcaraván, o el cernícalo primilla, que utiliza este territorio como zona de alimentación, mientras que la avutarda encuentra su hábitat de reproducción en los cultivos de cereal de secano que rodean las lagunas.

El grupo de mamíferos destaca la existencia de una colonia reproductora de topillo de Cabrera, o la presencia de tejón, garo montés, topo ibérico, corzo, jabalí, conejo, liebre y zorro.

Las Lagunas son una zona importante para la reproducción de anfibios como el gallipato, el sapo de espuelas y el sapo corredor, destacando asimismo la presencia de sapo partero común, sapo partero ibérico y ranita de San Antonio.

Las Lagunas de Puebla de Beleña y su entorno constituyen zona de alto interés botánico, con diferentes tipos de vegetación que se disponen en bandas concéntricas, desde el centro de las cubetas lagunares. La vegetación acuática y anfibia es particularmente interesante y compleja, como consecuencia de la estacionalidad de las lagunas.

La vegetación acuática se caracteriza por carófitos, miriofílidos, ninfeidos y batráchidos, como Myriophyllum alterniflorum o Ranunculus peltatus subsp.fucoides que, en ocasiones, cubre con sus flores blancas la superficie del agua.
Las formaciones emergentes están caracterizadas por las comunidades de pequeños holófitos que alcanzan su madurez al principio del verano, cubriendo entonces las cubetas lagunares casi por completo. Están constituidas pro el junquillo de laguna (Eleocharis palustris) y Gliceria declinata, entre las que crecen algunas manchas de Scirpus lacustris subsp. Lacustris.
En los bordes de las lagunas se instalan formaciones de pequeñas plantas, como el trébol peludo de cuatro hojas (Marsilea strigosa) y vivaces como Littorella uniflora, Isoetes velatum o Isoetes setaceum.

Al avanzar el verano, en las zonas que conservan mayor humedad se desarrollan praderas de cardo de las lagunas y poleo fino. Rodeando las lagunas, encontramos los vallicares.